虽然无土栽培的虫害要比土栽轻微许多，但只要种蔬菜就或多或少的会有虫子来危害，为了保证蔬菜的纯净无污染，我们可以采用生物防治法。
    常见的生物防治法是利用不同植物的属性差异，比如说驱虫草她是植物界的另类其貌不扬却是害虫的天敌。还有除虫菊她的根叶中会产生一种叫除虫菊脂的物质对昆虫有杀灭和驱赶的作用。
    这些方法驱虫是不错，可是一方面它要求我们要非常熟悉每种植物的属性，这对于非专业的我们确实有些难度，另外如果我们栽培的蔬菜种类单一还好，种类多了，很容易相互影响弱化了驱虫力量，害虫又趁虚而入，另一方面这些驱虫作物又占了我们蔬菜的空间，虽然很少但是作为强迫症很难忍，本来就很宝贵的养分不但要供给作物还要分享给他们。
   还有一种生物除虫的方法就是借助em菌，即有效微生物群，em菌里面有多种生物菌，包括光合的，好氧的，厌氧的……在培养基营养液中加入em菌液，可有效杀死虫卵，分解有害物质，抑制幼虫生长环境，达到灭虫效果，给蔬菜一个安全的生长环境。同时生物菌在分解杂质的时候，也能维持水中生态平衡，防止烂根，促进茎叶生长。现在市面上有专门出售em菌液的，可供种植使用。
    有人会问这种菌液用到土壤里可以吗，当然可以，只不过土壤本身就有微生物圈，生态环境更为复杂，用起来效果没有无土栽培明显。

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